ਗੰਭੀਰ ਤੀਬਰ ਸਾਹ ਲੈਣ ਵਾਲੇ ਸਿੰਡਰੋਮ ਕੋਰੋਨਾਵਾਇਰਸ 2 (SARS-CoV-2) ਲਈ ਟੀਕੇ ਦੇ ਵਿਕਾਸ ਨੇ ਟ੍ਰਾਈਮੇਰਿਕ ਸਪਾਈਕ ਪ੍ਰੋਟੀਨ 'ਤੇ ਧਿਆਨ ਕੇਂਦਰਿਤ ਕੀਤਾ ਹੈ ਜੋ ਲਾਗ ਦਾ ਕਾਰਨ ਬਣਦਾ ਹੈ। ਟ੍ਰਾਈਮੇਰਿਕ ਸਪਾਈਕ ਵਿੱਚ ਹਰੇਕ ਪ੍ਰੋਟੋਮਰ ਵਿੱਚ 22 ਗਲਾਈਕੋਸੀਲੇਸ਼ਨ ਸਾਈਟਾਂ ਹੁੰਦੀਆਂ ਹਨ। ਇਹ ਸਾਈਟਾਂ ਕਿਵੇਂ ਗਲਾਈਕੋਸਾਈਲੇਟ ਕੀਤੀਆਂ ਜਾਂਦੀਆਂ ਹਨ, ਇਹ ਪ੍ਰਭਾਵਿਤ ਕਰ ਸਕਦੀਆਂ ਹਨ ਕਿ ਵਾਇਰਸ ਕਿਹੜੇ ਸੈੱਲਾਂ ਨੂੰ ਸੰਕਰਮਿਤ ਕਰਦਾ ਹੈ ਅਤੇ ਕੁਝ ਐਪੀਟੋਪਾਂ ਨੂੰ ਐਂਟੀਬਾਡੀ ਨਿਰਪੱਖਕਰਨ ਤੋਂ ਬਚਾ ਸਕਦਾ ਹੈ। ਵਤਨਬੇ ਨੇ ਉਡੀਕ ਕੀਤੀ। ਰੀਕੌਂਬੀਨੈਂਟ ਗਲਾਈਕੋਸਾਈਲੇਟਿਡ ਸਪਾਈਕ ਟ੍ਰਾਈਮਰ ਨੂੰ ਪ੍ਰਗਟ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ ਅਤੇ ਸ਼ੁੱਧ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ, ਸਿੰਗਲ ਗਲਾਈਕਨਾਂ ਵਾਲੇ ਗਲਾਈਕੋਪੇਪਟਾਈਡਜ਼ ਪੈਦਾ ਕਰਨ ਲਈ ਪ੍ਰੋਟੀਓਲਾਈਜ਼ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ, ਅਤੇ ਗਲਾਈਕਨ ਸਾਈਟਾਂ ਦੀ ਰਚਨਾ ਪੁੰਜ ਸਪੈਕਟ੍ਰੋਮੈਟਰੀ ਦੁਆਰਾ ਨਿਰਧਾਰਤ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ। ਇਹ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਇੱਕ ਬੈਂਚਮਾਰਕ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਦਾ ਹੈ ਜਿਸਦੀ ਵਰਤੋਂ ਟੀਕੇ ਅਤੇ ਐਂਟੀਬਾਡੀ ਟੈਸਟਾਂ ਨੂੰ ਵਿਕਸਤ ਕਰਨ ਵੇਲੇ ਐਂਟੀਜੇਨ ਦੀ ਗੁਣਵੱਤਾ ਨੂੰ ਮਾਪਣ ਲਈ ਕੀਤੀ ਜਾ ਸਕਦੀ ਹੈ।
β-ਕੋਰੋਨਾਵਾਇਰਸ, ਗੰਭੀਰ ਤੀਬਰ ਸਾਹ ਲੈਣ ਵਾਲੇ ਸਿੰਡਰੋਮ ਕੋਰੋਨਾਵਾਇਰਸ 2 (SARS-CoV-2) ਦਾ ਉਭਾਰ 2019 ਦੀ ਕੋਰੋਨਵਾਇਰਸ ਬਿਮਾਰੀ (COVID-19) ਦਾ ਕਾਰਕ ਹੈ, ਜੋ ਵਿਸ਼ਵ ਭਰ ਵਿੱਚ ਮਨੁੱਖੀ ਸਿਹਤ ਲਈ ਇੱਕ ਵੱਡਾ ਖ਼ਤਰਾ ਹੈ। ਵੈਕਸੀਨ ਵਿਕਾਸ ਨੇ ਹਿਊਮੋਰਲ ਇਮਿਊਨ ਪ੍ਰਤੀਕ੍ਰਿਆ ਦੇ ਮੁੱਖ ਟੀਚੇ 'ਤੇ ਕੇਂਦ੍ਰਿਤ ਕੀਤਾ ਹੈ, ਸਿਨੈਪਟਿਕ (ਐਸ) ਗਲਾਈਕੋਪ੍ਰੋਟੀਨ, ਜੋ ਸੈੱਲ ਦੇ ਪ੍ਰਵੇਸ਼ ਅਤੇ ਝਿੱਲੀ ਦੇ ਫਿਊਜ਼ਨ ਵਿਚ ਵਿਚੋਲਗੀ ਕਰਦਾ ਹੈ। ਹਰੇਕ SARS-CoV-2 S ਜੀਨ 22 N-ਲਿੰਕਡ ਗਲਾਈਕੋਸਿਲ ਕ੍ਰਮ ਨੂੰ ਏਨਕੋਡ ਕਰਦਾ ਹੈ, ਜੋ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਫੋਲਡਿੰਗ ਅਤੇ ਇਮਿਊਨ ਐਸਕੇਪ ਵਿੱਚ ਭੂਮਿਕਾ ਨਿਭਾ ਸਕਦਾ ਹੈ। ਇੱਥੇ, ਸਾਈਟ-ਵਿਸ਼ੇਸ਼ ਪੁੰਜ ਸਪੈਕਟ੍ਰੋਮੈਟਰੀ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹੋਏ, ਅਸੀਂ ਰੀਕੌਂਬੀਨੈਂਟ SARS-CoV-2 S ਇਮਯੂਨੋਜਨ 'ਤੇ ਗਲਾਈਕਨ ਬਣਤਰ ਦਾ ਖੁਲਾਸਾ ਕੀਤਾ। ਇਹ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਟ੍ਰਾਈਮੇਰਿਕ ਵਾਇਰਸ ਪੀਕ ਦੇ ਪਾਰ ਗਲਾਈਕਨ ਪ੍ਰੋਸੈਸਿੰਗ ਸਥਿਤੀ ਦਾ ਨਕਸ਼ਾ ਬਣਾ ਸਕਦਾ ਹੈ। ਅਸੀਂ SARS-CoV-2 S ਗਲਾਈਕਨ ਅਤੇ ਆਮ ਹੋਸਟ ਗਲਾਈਕਨ ਪ੍ਰੋਸੈਸਿੰਗ ਵਿਚਕਾਰ ਅੰਤਰ ਦਿਖਾਉਂਦੇ ਹਾਂ, ਜਿਸਦਾ ਵਾਇਰਸ ਪੈਥੋਲੋਜੀ ਅਤੇ ਵੈਕਸੀਨ ਡਿਜ਼ਾਈਨ 'ਤੇ ਅਸਰ ਹੋ ਸਕਦਾ ਹੈ।
ਗੰਭੀਰ ਤੀਬਰ ਸਾਹ ਸੰਬੰਧੀ ਸਿੰਡਰੋਮ ਕਰੋਨਾਵਾਇਰਸ 2 (SARS-CoV-2) ਕੋਰੋਨਵਾਇਰਸ 2019 (COVID-19) ਦਾ ਕਾਰਕ ਜਰਾਸੀਮ (1, 2) ਹੈ, ਜੋ ਬੁਖਾਰ, ਗੰਭੀਰ ਸਾਹ ਦੀਆਂ ਬਿਮਾਰੀਆਂ ਅਤੇ ਨਮੂਨੀਆ ਦਾ ਕਾਰਨ ਬਣ ਸਕਦਾ ਹੈ। SARS-CoV-2 ਐਂਜੀਓਟੈਨਸਿਨ ਕਨਵਰਟਿੰਗ ਐਂਜ਼ਾਈਮ 2 (ACE2) ਨੂੰ ਹੋਸਟ ਸੈੱਲ ਐਂਟਰੀ (3) ਵਿੱਚ ਵਿਚੋਲਗੀ ਕਰਨ ਲਈ ਵਾਇਰਸ ਦੀ ਸਤਹ ਤੋਂ ਫੈਲਣ ਵਾਲੇ ਇੱਕ ਵਿਆਪਕ ਗਲਾਈਕੋਸਾਈਲੇਟਡ ਸਪਾਈਕ (S) ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦਾ ਹੈ। ਐਸ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਇੱਕ ਟ੍ਰਾਈਮੇਰਿਕ ਕਲਾਸ I ਫਿਊਜ਼ਨ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਹੈ, ਜੋ ਦੋ ਕਾਰਜਸ਼ੀਲ ਸਬਯੂਨਿਟਾਂ ਤੋਂ ਬਣਿਆ ਹੈ, ਰੀਸੈਪਟਰ ਬਾਈਡਿੰਗ (S1 ਸਬਯੂਨਿਟ) ਅਤੇ ਮੇਮਬ੍ਰੇਨ ਫਿਊਜ਼ਨ (S2 ਸਬਯੂਨਿਟ) (4, 5) ਲਈ ਜ਼ਿੰਮੇਵਾਰ ਹੈ। ਕੋਟੇਡ ਨਹੁੰ ਦੀ ਸਤਹ ਮੁੱਖ ਤੌਰ 'ਤੇ ਹੋਸਟ-ਪ੍ਰਾਪਤ ਗਲਾਈਕਨ ਦੁਆਰਾ ਨਿਯੰਤਰਿਤ ਕੀਤੀ ਜਾਂਦੀ ਹੈ, ਅਤੇ ਹਰੇਕ ਟ੍ਰਾਈਮਰ 66 ਐਨ-ਲਿੰਕਡ ਗਲਾਈਕੋਸੀਲੇਸ਼ਨ ਸਾਈਟਾਂ ਨੂੰ ਪ੍ਰਦਰਸ਼ਿਤ ਕਰਦਾ ਹੈ। ਐਸ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਵੈਕਸੀਨ ਡਿਜ਼ਾਈਨ ਦੇ ਕੰਮ (6) ਵਿੱਚ ਇੱਕ ਮੁੱਖ ਟੀਚਾ ਹੈ। ਰੀਕੌਂਬੀਨੈਂਟ ਵਾਇਰਸ ਸਪਾਈਕਸ ਦੇ ਗਲਾਈਕੋਸੀਲੇਸ਼ਨ ਨੂੰ ਸਮਝਣਾ ਵਾਇਰਸ ਬਾਇਓਲੋਜੀ ਅਤੇ ਗਾਈਡ ਵੈਕਸੀਨ ਡਿਜ਼ਾਈਨ ਰਣਨੀਤੀਆਂ ਦੀਆਂ ਬੁਨਿਆਦੀ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾਵਾਂ ਨੂੰ ਪ੍ਰਗਟ ਕਰ ਸਕਦਾ ਹੈ (7, 8).
ਵਾਇਰਲ ਗਲਾਈਕੋਸੀਲੇਸ਼ਨ ਵਿੱਚ ਵਾਇਰਲ ਪੈਥੋਬਾਇਓਲੋਜੀ ਵਿੱਚ ਬਹੁਤ ਸਾਰੀਆਂ ਭੂਮਿਕਾਵਾਂ ਹਨ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਫੋਲਡਿੰਗ ਅਤੇ ਸਥਿਰਤਾ ਅਤੇ ਵਾਇਰਲ ਟ੍ਰੋਪਿਜ਼ਮ ਨੂੰ ਆਕਾਰ ਦੇਣਾ ਸ਼ਾਮਲ ਹੈ। ਗਲਾਈਕੋਸੀਲੇਸ਼ਨ ਸਾਈਟਾਂ ਚੋਣਵੇਂ ਦਬਾਅ ਹੇਠ ਹੁੰਦੀਆਂ ਹਨ ਕਿਉਂਕਿ ਉਹ ਖਾਸ ਐਪੀਟੋਪਾਂ ਨੂੰ ਐਂਟੀਬਾਡੀ ਨਿਰਪੱਖਤਾ ਤੋਂ ਬਚਾ ਕੇ ਇਮਿਊਨ ਬਚਣ ਨੂੰ ਉਤਸ਼ਾਹਿਤ ਕਰਦੀਆਂ ਹਨ। ਹਾਲਾਂਕਿ, ਅਸੀਂ ਦੇਖਿਆ ਹੈ ਕਿ SARS-CoV-2 ਦੀ ਪਰਿਵਰਤਨ ਦਰ ਬਹੁਤ ਘੱਟ ਹੈ, ਅਤੇ ਹੁਣ ਤੱਕ, ਕੋਈ ਐਨ-ਲਿੰਕਡ ਗਲਾਈਕੋਸੀਲੇਸ਼ਨ ਸਾਈਟ ਮਿਊਟੇਸ਼ਨ ਨਹੀਂ ਦੇਖਿਆ ਗਿਆ ਹੈ (10)। ਗਲਾਈਕਨ ਦੀ ਅਸਧਾਰਨ ਤੌਰ 'ਤੇ ਉੱਚ ਘਣਤਾ ਵਾਲੀਆਂ ਸਤਹਾਂ ਵੀ ਇਮਿਊਨ ਮਾਨਤਾ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕਰ ਸਕਦੀਆਂ ਹਨ (9, 11, 12)। ਦੂਜੇ ਕੋਰੋਨਵਾਇਰਸ ਲਈ, ਇਮਯੂਨੋਜਨਿਕ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਐਪੀਟੋਪਸ ਨੂੰ ਛੁਪਾਉਣ ਵਿੱਚ ਗਲਾਈਕੋਸੀਲੇਸ਼ਨ ਦੀ ਭੂਮਿਕਾ ਦਾ ਅਧਿਐਨ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਹੈ (10, 13, 14)। ਕੋਰੋਨਵਾਇਰਸ ਐਂਡੋਪਲਾਜ਼ਮਿਕ ਰੇਟੀਕੁਲਮ-ਗੋਲਗੀ ਕੈਵਿਟੀ ਵਿੱਚ ਉਗਦੇ ਹਨ ਅਤੇ ਵਾਇਰਸ (15, 16) ਬਣਾਉਂਦੇ ਹਨ। ਹਾਲਾਂਕਿ, ਜਦੋਂ ਵਾਇਰਸ-ਪ੍ਰਾਪਤ ਸਮੱਗਰੀਆਂ 'ਤੇ ਗੁੰਝਲਦਾਰ ਕਿਸਮ ਦੇ ਗਲਾਈਕੈਨ ਦੇਖੇ ਗਏ ਸਨ, ਤਾਂ ਇਹ ਪਾਇਆ ਗਿਆ ਕਿ ਵਾਇਰਲ ਗਲਾਈਕੋਪ੍ਰੋਟੀਨ ਪ੍ਰੋਸੈਸਿੰਗ ਐਨਜ਼ਾਈਮਜ਼ ਦੁਆਰਾ ਪ੍ਰਭਾਵਿਤ ਹੋਇਆ ਸੀ ਜੋ ਗੋਲਗੀ (13, 17) ਵਿੱਚ ਰਹਿੰਦੇ ਸਨ।
ਉੱਚ ਵਾਇਰਲ ਗਲਾਈਕਨ ਘਣਤਾ ਅਤੇ ਸਥਾਨਕ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਬਣਤਰ ਸਥਾਨਿਕ ਤੌਰ 'ਤੇ ਗਲਾਈਕਨ ਪਰਿਪੱਕਤਾ ਮਾਰਗ ਨੂੰ ਕਮਜ਼ੋਰ ਕਰਦੇ ਹਨ। ਅਯੋਗ ਗਲਾਈਕਨ ਪਰਿਪੱਕਤਾ ਜੋ oligomannose-type glycans ਦੀ ਮੌਜੂਦਗੀ ਵੱਲ ਖੜਦੀ ਹੈ ਕੁਦਰਤੀ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਬਣਤਰ (8) ਦਾ ਇੱਕ ਸੰਵੇਦਨਸ਼ੀਲ ਰਿਪੋਰਟਰ ਹੋ ਸਕਦਾ ਹੈ, ਅਤੇ ਸਾਈਟ-ਵਿਸ਼ੇਸ਼ ਗਲਾਈਕਨ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਇਮਯੂਨੋਜਨਾਂ ਦੀ ਤੁਲਨਾ ਕਰਨ ਅਤੇ ਉਤਪਾਦਨ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆਵਾਂ ਦੀ ਨਿਗਰਾਨੀ ਕਰਨ ਲਈ ਕੀਤੀ ਜਾ ਸਕਦੀ ਹੈ (18). ਇਸ ਤੋਂ ਇਲਾਵਾ, ਗਲਾਈਕੋਸੀਲੇਸ਼ਨ ਕੀਟਾਣੂ ਕੇਂਦਰ (19) ਤੱਕ ਰੀਕੌਂਬੀਨੈਂਟ ਇਮਯੂਨੋਜਨ ਦੀ ਆਵਾਜਾਈ ਨੂੰ ਪ੍ਰਭਾਵਤ ਕਰ ਸਕਦੀ ਹੈ।
SARS-CoV-2 S ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਦੇ ਸਾਈਟ-ਵਿਸ਼ੇਸ਼ ਗਲਾਈਕੋਸੀਲੇਸ਼ਨ ਨੂੰ ਹੱਲ ਕਰਨ ਅਤੇ ਸਮੁੱਚੀ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਸਤ੍ਹਾ 'ਤੇ ਗਲਾਈਕੋਪ੍ਰੋਟੀਨ ਦੀ ਵੰਡ ਦੀ ਕਲਪਨਾ ਕਰਨ ਲਈ, ਅਸੀਂ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕਰਨ ਲਈ ਵਰਤੇ ਗਏ ਮੁੜ-ਸੰਯੋਗੀ ਘੁਲਣਸ਼ੀਲ ਪਦਾਰਥਾਂ ਦੇ ਤਿੰਨ ਜੈਵਿਕ ਪਹਿਲੂਆਂ ਨੂੰ ਉਸੇ ਤਰੀਕੇ ਨਾਲ ਪ੍ਰਗਟ ਕੀਤਾ ਅਤੇ ਸ਼ੁੱਧ ਕੀਤਾ। . ਪ੍ਰਤੀਕ੍ਰਿਤੀ. ਕੀਫੇਨੋਨਾਈਨ (4) ਦੇ ਗਲਾਈਕਨ ਪ੍ਰੋਸੈਸਿੰਗ ਬਲਾਕਿੰਗ ਪ੍ਰਭਾਵ ਦੀ ਘਾਟ ਦੇ ਬਾਵਜੂਦ ਉੱਚ-ਰੈਜ਼ੋਲੂਸ਼ਨ ਕ੍ਰਾਇਓ-ਇਲੈਕਟ੍ਰੋਨ ਮਾਈਕ੍ਰੋਸਕੋਪੀ (ਕ੍ਰਾਇਓ-ਈਐਮ) ਬਣਤਰ. S ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਦੇ ਇਸ ਰੂਪ ਵਿੱਚ SARS-CoV-2 S ਪ੍ਰੋਟੀਨ (ਚਿੱਤਰ 1A) 'ਤੇ ਸਾਰੇ 22 ਗਲਾਈਕਨ ਹੁੰਦੇ ਹਨ। ਫਰਿਨ ਕਲੀਵੇਜ ਸਾਈਟ 'ਤੇ ਰਹਿੰਦ-ਖੂੰਹਦ 986 ਅਤੇ 987 (20), GSAS (ਗਲਾਈ-ਸੇਰ-ਅਲਾ-ਸੇਰ) ਸਬਸਟੀਟਿਊਸ਼ਨ (ਅਸ਼ੇਸ਼ 682 ਤੋਂ 685) ਅਤੇ C ਦੇ 2P ਸਥਿਰ ਪਰਿਵਰਤਨ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ, ਟ੍ਰਾਈਮਰ ਪ੍ਰੀ-ਫਿਊਜ਼ਨ ਬਣਤਰ ਨੂੰ ਸਥਿਰਤਾ ਦਾ ਅਹਿਸਾਸ ਹੁੰਦਾ ਹੈ। -ਟਰਮੀਨਲ ਟ੍ਰਾਈਮਰਾਈਜ਼ੇਸ਼ਨ ਮੋਟਿਫ. ਇਹ ਗਲਾਈਕਨ ਪ੍ਰੋਸੈਸਿੰਗ ਦੌਰਾਨ ਚਤੁਰਭੁਜ ਢਾਂਚੇ ਨੂੰ ਬਣਾਈ ਰੱਖਣ ਵਿੱਚ ਮਦਦ ਕਰਦਾ ਹੈ। ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਤੋਂ ਪਹਿਲਾਂ, ਰੀਕੌਂਬੀਨੈਂਟ SARS-CoV-2 S ਵਾਲੇ ਸੁਪਰਨੇਟੈਂਟ ਨੂੰ ਆਕਾਰ ਦੀ ਬੇਦਖਲੀ ਕ੍ਰੋਮੈਟੋਗ੍ਰਾਫੀ ਦੁਆਰਾ ਸ਼ੁੱਧ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ ਤਾਂ ਜੋ ਇਹ ਯਕੀਨੀ ਬਣਾਇਆ ਜਾ ਸਕੇ ਕਿ ਸਿਰਫ ਕੁਦਰਤੀ-ਵਰਗੇ ਟ੍ਰਾਈਮੇਰਿਕ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਦਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ (ਚਿੱਤਰ 1B ਅਤੇ ਚਿੱਤਰ S1)। ਸ਼ੁੱਧ ਸਮੱਗਰੀ ਦੀ ਟ੍ਰਿਮਰ ਰਚਨਾ ਨੂੰ ਨਕਾਰਾਤਮਕ ਸਟੈਨਿੰਗ EM (ਚਿੱਤਰ 1C) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਪ੍ਰਮਾਣਿਤ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ।
(ਏ) SARS-CoV-2 S ਗਲਾਈਕੋਪ੍ਰੋਟੀਨ ਦਾ ਯੋਜਨਾਬੱਧ ਚਿੱਤਰ। N-ਲਿੰਕਡ ਗਲਾਈਕੋਸੀਲੇਸ਼ਨ ਕ੍ਰਮ (NXS/T, ਜਿੱਥੇ X≠P) ਦੀ ਸਥਿਤੀ ਨੂੰ ਇੱਕ ਸ਼ਾਖਾ (N, Asn; X, ਕੋਈ ਵੀ ਰਹਿੰਦ-ਖੂੰਹਦ; S, Ser; T, Thr; P, Pro) ਵਜੋਂ ਦਰਸਾਇਆ ਗਿਆ ਹੈ। ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਡੋਮੇਨ ਦਾ ਵਰਣਨ ਕਰਦਾ ਹੈ: ਐਨ-ਟਰਮੀਨਲ ਡੋਮੇਨ (NTD), ਰੀਸੈਪਟਰ ਬਾਈਡਿੰਗ ਡੋਮੇਨ (RBD), ਫਿਊਜ਼ਨ ਪੇਪਟਾਇਡ (FP), ਹੈਪਟਾਪਾਈਡ ਰੀਪੀਟ 1 (HR1), ਸੈਂਟਰਲ ਹੈਲਿਕਸ (CH), ਕਨੈਕਟਰ ਡੋਮੇਨ (CD) ਅਤੇ ਟ੍ਰਾਂਸਮੇਮਬਰੇਨ ਡੋਮੇਨ (TM) ). (ਬੀ) ਮਨੁੱਖੀ ਭਰੂਣ ਦੇ ਗੁਰਦੇ (HEK) 293F ਸੈੱਲਾਂ ਵਿੱਚ ਦਰਸਾਏ ਗਏ SARS-CoV-2 S ਪ੍ਰੋਟੀਨ (ਤੀਰ ਦੁਆਰਾ ਦਰਸਾਏ ਗਏ) ਦਾ SDS-ਪੌਲੀਐਕਰੀਲਾਮਾਈਡ ਜੈੱਲ ਇਲੈਕਟ੍ਰੋਫੋਰੇਸਿਸ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ। ਲੇਨ 1: ਟ੍ਰਾਂਸਫੈਕਟਡ ਸੈੱਲਾਂ ਤੋਂ ਫਿਲਟਰ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੁਪਰਨੇਟੈਂਟ; ਲੇਨ 2: ਸਟ੍ਰੈਪਟੈਕਟਿਨ ਰਾਲ ਤੋਂ ਫਲੋ-ਥਰੂ; ਲੇਨ 3: ਸਟ੍ਰੈਪਟੈਕਟਿਨ ਰਾਲ ਨਾਲ ਧੋਣਾ; ਲੇਨ 4: ਸਟ੍ਰੈਪਟੈਕਟਿਨ ਰਾਲ ਤੋਂ ਇਲੂਸ਼ਨ। (C) SARS-CoV-2 S ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਦੇ EM 2D ਨੈਗੇਟਿਵ ਦਾ ਔਸਤ ਮੁੱਲ। SARS-CoV-2 S ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਦਾ 2D ਔਸਤ ਮੁੱਲ ਦਿਖਾਇਆ ਗਿਆ ਹੈ, ਇਹ ਪੁਸ਼ਟੀ ਕਰਦਾ ਹੈ ਕਿ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਟ੍ਰਿਮਰ ਪ੍ਰੀ-ਫਿਊਜ਼ਨ ਰੂਪਾਂਤਰ ਨੂੰ ਅਪਣਾਉਂਦੀ ਹੈ, ਜੋ ਕਿ ਢਾਂਚੇ (4) ਨੂੰ ਨਿਰਧਾਰਤ ਕਰਨ ਲਈ ਵਰਤੀ ਗਈ ਸਮੱਗਰੀ ਨਾਲ ਮੇਲ ਖਾਂਦੀ ਹੈ।
SARS-CoV-2 S ਦੇ ਸਾਈਟ-ਵਿਸ਼ੇਸ਼ ਗਲਾਈਕੋਸੀਲੇਸ਼ਨ ਨੂੰ ਨਿਰਧਾਰਤ ਕਰਨ ਲਈ, ਅਸੀਂ ਤਿੰਨ ਗਲਾਈਕੋਪੇਪਟਾਈਡ ਨਮੂਨੇ ਬਣਾਉਣ ਲਈ ਟ੍ਰਿਪਸਿਨ, ਕਾਈਮੋਟ੍ਰੀਪਸਿਨ ਅਤੇ α-ਲਾਈਟਿਕ ਪ੍ਰੋਟੀਜ਼ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕੀਤੀ। ਇਹ ਪ੍ਰੋਟੀਜ਼ ਇੱਕ ਸਿੰਗਲ ਐਨ-ਲਿੰਕਡ ਗਲਾਈਕਨ ਕ੍ਰਮ ਰੱਖਣ ਵਾਲੇ ਗਲਾਈਕੋਪੇਪਟਾਈਡਸ ਪੈਦਾ ਕਰਨ ਲਈ ਚੁਣੇ ਗਏ ਹਨ। ਗਲਾਈਕੋਪੇਪਟਾਈਡਸ ਦਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਤਰਲ ਕ੍ਰੋਮੈਟੋਗ੍ਰਾਫੀ-ਮਾਸ ਸਪੈਕਟ੍ਰੋਮੈਟਰੀ ਦੁਆਰਾ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ, ਅਤੇ ਸਾਰੀਆਂ 22 ਐਨ-ਲਿੰਕਡ ਗਲਾਈਕਨ ਸਾਈਟਾਂ ਦੀ ਗਲਾਈਕਨ ਰਚਨਾ ਨਿਰਧਾਰਤ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ (ਚਿੱਤਰ 2)। ਹਰੇਕ ਸਾਈਟ ਦੀਆਂ ਮੁੱਖ ਪ੍ਰੋਸੈਸਿੰਗ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾਵਾਂ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਣ ਲਈ, ਬ੍ਰਾਂਚਿੰਗ ਅਤੇ ਫਿਊਕੋਸੀਲੇਸ਼ਨ ਦੇ ਅਨੁਸਾਰ, ਹਰੇਕ ਗਲਾਈਕਨ ਦੀ ਭਰਪੂਰਤਾ ਨੂੰ ਓਲੀਗੋਮੈਨੋਜ਼, ਹਾਈਬ੍ਰਿਡ ਅਤੇ ਗੁੰਝਲਦਾਰ ਗਲਾਈਕੋਸੀਲੇਸ਼ਨ ਸ਼੍ਰੇਣੀਆਂ ਵਿੱਚ ਸ਼੍ਰੇਣੀਬੱਧ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਹੈ। ਸਾਰਣੀ S1 ਅਤੇ ਚਿੱਤਰ 6 ਵੱਖ-ਵੱਖ ਗਲਾਈਕਨ ਰਚਨਾਵਾਂ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੇ ਵਿਸਤ੍ਰਿਤ ਵਿਸਤ੍ਰਿਤ ਦ੍ਰਿਸ਼ ਪੇਸ਼ ਕਰਦੇ ਹਨ। S2.
ਚਿੱਤਰ ਗਲਾਈਕਨ ਦੀਆਂ ਮੁੱਖ ਕਿਸਮਾਂ ਦੇ ਰੰਗ ਕੋਡਾਂ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ ਜੋ ਓਲੀਗੋਮੈਨੋਜ਼ ਤੋਂ ਹਾਈਬ੍ਰਿਡ ਕਿਸਮ ਦੇ ਗਲਾਈਕਨਾਂ ਤੱਕ ਪਰਿਪੱਕਤਾ ਮਾਰਗ ਦੇ ਨਾਲ ਦਿਖਾਈ ਦੇ ਸਕਦੇ ਹਨ। ਇਹ ਅੰਕੜੇ ਇੱਕ ਸਿੰਗਲ N-ਲਿੰਕਡ ਗਲਾਈਕੋਸੀਲੇਸ਼ਨ ਸਾਈਟ 'ਤੇ ਮੌਜੂਦ ਗਲਾਈਕਨ ਆਬਾਦੀ ਦੇ ਮਾਤਰਾਤਮਕ ਪੁੰਜ ਸਪੈਕਟ੍ਰੋਮੈਟਰੀ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਦਾ ਸਾਰ ਦਿੰਦੇ ਹਨ, ਜੋ ਕਿ ਗਲਾਈਕਨ ਸ਼੍ਰੇਣੀ ਤੱਕ ਘਟਾਇਆ ਗਿਆ ਹੈ। oligomannose ਕਿਸਮ ਗਲਾਈਕਨ ਸੀਰੀਜ਼ (M9 ਤੋਂ M5; Man9GlcNAc2 ਤੋਂ Man5GlcNAc2) ਹਰੇ, ਗੈਰ-ਗਲਾਈਕੋਸਾਈਲੇਟਿਡ ਅਤੇ ਫਿਊਕੋਸਾਈਲੇਟਿਡ ਹਾਈਬ੍ਰਿਡ ਗਲਾਈਕੈਨਸ (ਹਾਈਬ੍ਰਿਡ ਅਤੇ ਐੱਫ ਹਾਈਬ੍ਰਿਡ) ਹਨ, ਬਿੰਦੀ ਵਾਲੀ ਲਾਈਨ ਗੁਲਾਬੀ ਹੈ, ਐਂਟੀਨਾ ਦੀ ਸੰਖਿਆ ਦੇ ਅਨੁਸਾਰ ਗਰੁੱਪਿੰਗ ਕੰਪਲੈਕਸ ਕੋਫੂਸੀਨਾਈਲ (ਜੀ. A1 ਤੋਂ FA4) ਸਥਿਤੀਆਂ ਦੀ ਮੌਜੂਦਗੀ ਵਿੱਚ ਗੁਲਾਬੀ ਹੁੰਦਾ ਹੈ। ਐਨ-ਲਿੰਕਡ ਗਲਾਈਕਨ ਸਾਈਟਾਂ ਵਿੱਚ ਖਾਲੀ ਅਸਾਮੀਆਂ ਸਲੇਟੀ ਵਿੱਚ ਦਿਖਾਈਆਂ ਗਈਆਂ ਹਨ। ਪਾਈ ਚਾਰਟ ਇਹਨਾਂ ਗਲਾਈਕਨਾਂ ਦੀ ਮਾਤਰਾ ਦਾ ਸਾਰ ਦਿੰਦਾ ਹੈ। ਗਲਾਈਕਨ ਸਾਈਟਾਂ ਨੂੰ ਓਲੀਗੋਮੈਨੋਜ਼-ਟਾਈਪ ਗਲਾਈਕਨ ਦੀ ਸਮੱਗਰੀ ਦੇ ਅਨੁਸਾਰ ਰੰਗੀਨ ਕੀਤਾ ਜਾਂਦਾ ਹੈ, ਅਤੇ ਗਲਾਈਕਨ ਸਾਈਟਾਂ ਨੂੰ ਹਰੇ (80% ਤੋਂ 100%), ਸੰਤਰੀ (30% ਤੋਂ 79%) ਅਤੇ ਗੁਲਾਬੀ (0% ਤੋਂ 29%) ਵਜੋਂ ਚਿੰਨ੍ਹਿਤ ਕੀਤਾ ਜਾਂਦਾ ਹੈ। ਸਾਈਟ-ਵਿਸ਼ੇਸ਼ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਦਾ ਇੱਕ ਵਿਸਤ੍ਰਿਤ ਸੰਸਕਰਣ ਹਰੇਕ ਸ਼੍ਰੇਣੀ ਵਿੱਚ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ ਜੋ ਸਾਰਣੀ S1 ਅਤੇ ਚਿੱਤਰ 6. S2 ਵਿੱਚ ਪਾਇਆ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ। ਬਾਰ ਗ੍ਰਾਫ਼ ਤਿੰਨ ਜੈਵਿਕ ਪ੍ਰਤੀਕ੍ਰਿਤੀਆਂ ਦੀ ਔਸਤ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ, ਅਤੇ ਗਲਤੀ ਬਾਰ ਔਸਤ ਦੀ ਮਿਆਰੀ ਗਲਤੀ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੀ ਹੈ।
SARS-CoV-2 S 'ਤੇ ਦੋ ਸਾਈਟਾਂ ਮੁੱਖ ਤੌਰ 'ਤੇ oligomannose ਹਨ: N234 ਅਤੇ N709। N234 ਨੂੰ ਛੱਡ ਕੇ, ਪੂਰੇ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਵਿੱਚ ਦੇਖਿਆ ਗਿਆ ਮੁੱਖ oligomannose glycan ਢਾਂਚਾ Man5GlcNAc2 (ਮੈਨ, mannose; GlcNAc, N-acetylglucosamine) ਹੈ, ਜੋ ਇਹ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ ਕਿ ਇਹ ਸਾਈਟਾਂ ਵੱਡੇ ਪੱਧਰ 'ਤੇ α-1,2-ਮੈਨੋਸੀਡੇਜ਼ ਐਕਸੈਸ ਹੋ ਸਕਦੀਆਂ ਹਨ, ਪਰ ਸਬਸਟਰੇਟ ਦੀ GlcNAcT. -1 ਕਮਜ਼ੋਰ ਹੈ, GlcNAcT-1 ਗੋਲਗੀ ਉਪਕਰਣ ਵਿੱਚ ਹੇਟਰੋਜ਼ਾਈਗਸ ਅਤੇ ਗੁੰਝਲਦਾਰ ਗਲਾਈਕਨ ਦੇ ਗਠਨ ਵਿੱਚ ਮੁੱਖ ਐਨਜ਼ਾਈਮ ਹੈ। ਉਹ ਪੜਾਅ ਜੋ ਪ੍ਰੋਸੈਸਿੰਗ ਵਿੱਚ ਰੁਕਾਵਟ ਪਾਉਂਦਾ ਹੈ ਵਾਇਰਲ ਸਪਾਈਕਸ 'ਤੇ ਗਲਾਈਕਨ ਦੀ ਘਣਤਾ ਅਤੇ ਪ੍ਰਸਤੁਤੀ ਨਾਲ ਸੰਬੰਧਿਤ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾ ਹੈ। ਉਦਾਹਰਨ ਲਈ, HIV-1 Env ਅਤੇ Lassa ਵਾਇਰਸ (LASV) GPC ਦੀਆਂ ਉੱਚ ਗਲਾਈਕੋਸੀਲੇਸ਼ਨ ਚੋਟੀਆਂ Man9GlcNAc2 (21-24) ਦੇ ਦਬਦਬੇ ਵਾਲੀਆਂ ਬਹੁਤ ਸਾਰੀਆਂ ਸਾਈਟਾਂ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੀਆਂ ਹਨ।
ਓਲੀਗੋਮੈਨੋਜ਼ ਅਤੇ ਗੁੰਝਲਦਾਰ ਗਲਾਈਕਨਾਂ ਦਾ ਮਿਸ਼ਰਣ ਸਾਈਟਾਂ N61, N122, N603, N717, N801 ਅਤੇ N1074 (ਚਿੱਤਰ 2) 'ਤੇ ਪਾਇਆ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ। ਐਸ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਦੀਆਂ 22 ਸਾਈਟਾਂ ਵਿੱਚੋਂ, 8 ਵਿੱਚ ਵੱਡੀ ਗਿਣਤੀ ਵਿੱਚ ਓਲੀਗੋਮੈਨੋਜ਼-ਕਿਸਮ ਦੇ ਗਲਾਈਕਨ ਹੁੰਦੇ ਹਨ, ਜੋ SARS-CoV-2 S ਗਲਾਈਕਾਨ ਅਤੇ ਹੋਸਟ ਗਲਾਈਕੋਪ੍ਰੋਟੀਨ (25) ਦੀ ਪ੍ਰੋਸੈਸਿੰਗ ਵਿੱਚ ਅੰਤਰ ਨੂੰ ਉਜਾਗਰ ਕਰਦੇ ਹਨ। ਬਾਕੀ ਬਚੀਆਂ 14 ਸਾਈਟਾਂ 'ਤੇ ਪ੍ਰੋਸੈਸਡ ਗੁੰਝਲਦਾਰ ਕਿਸਮਾਂ ਦੇ ਗਲਾਈਕਨਾਂ ਦਾ ਦਬਦਬਾ ਹੈ।
ਹਾਲਾਂਕਿ SARS-CoV-2 S 'ਤੇ ਖਾਲੀ ਗਲਾਈਕੋਸੀਲੇਸ਼ਨ ਸਾਈਟਾਂ ਦਾ ਪਤਾ ਲਗਾਇਆ ਗਿਆ ਸੀ, ਪਰ ਉਹਨਾਂ ਨੂੰ ਮਾਤਰਾ (ਟੇਬਲ S2) ਦੇ ਦੌਰਾਨ ਕੁੱਲ ਪੇਪਟਾਇਡ ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ ਦੇ ਬਹੁਤ ਛੋਟੇ ਹਿੱਸੇ ਲਈ ਪਾਇਆ ਗਿਆ ਸੀ। ਐੱਚ.ਆਈ.ਵੀ.-1 ਇਮਯੂਨੋਜਨ ਅਧਿਐਨਾਂ ਵਿੱਚ, ਖਾਲੀ ਗਲਾਈਕਨ ਸਾਈਟਾਂ ਦੁਆਰਾ ਬਣਾਏ ਗਏ ਵੋਇਡਸ ਨੂੰ ਇਮਯੂਨੋਜਨਿਕ ਦਿਖਾਇਆ ਗਿਆ ਹੈ ਅਤੇ ਇਹ ਧਿਆਨ ਭੰਗ ਕਰਨ ਵਾਲੇ ਐਪੀਟੋਪਸ (26) ਦਾ ਕਾਰਨ ਬਣ ਸਕਦਾ ਹੈ। SARS-CoV-2 S ਦੇ N-ਲਿੰਕਡ ਗਲਾਈਕਨ ਕ੍ਰਮ ਦੀ ਉੱਚ ਆਕੂਪੈਂਸੀ ਦਰ ਇਹ ਦਰਸਾਉਂਦੀ ਹੈ ਕਿ ਰੀਕੌਂਬੀਨੈਂਟ ਇਮਯੂਨੋਜਨ ਨੂੰ ਸਾਈਟ ਦੇ ਕਬਜ਼ੇ ਨੂੰ ਵਧਾਉਣ ਲਈ ਹੋਰ ਅਨੁਕੂਲਤਾ ਦੀ ਲੋੜ ਨਹੀਂ ਹੋਵੇਗੀ।
ਟ੍ਰਾਈਮੇਰਿਕ SARS-CoV-2 S ਪ੍ਰੋਟੀਨ [ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਡੇਟਾਬੇਸ (PDB) ID 6VSB] (4) ਦੇ ਜੰਮੇ ਹੋਏ EM ਢਾਂਚੇ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹੋਏ, ਕੋਰੋਨਵਾਇਰਸ ਸਪਾਈਕ ਮਿਮਿਕ ਦੀ ਗਲਾਈਕੋਸੀਲੇਸ਼ਨ ਸਥਿਤੀ ਨੂੰ ਪ੍ਰਯੋਗਾਤਮਕ ਤੌਰ 'ਤੇ ਨਿਰਧਾਰਤ ਤਿੰਨ-ਅਯਾਮੀ (3D) ਢਾਂਚੇ (3D) ਨਾਲ ਮੈਪ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਚਿੱਤਰ 3)। ਪੁੰਜ ਸਪੈਕਟ੍ਰੋਮੈਟਰੀ ਅਤੇ ਘੱਟ-ਤਾਪਮਾਨ EM ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਦੇ ਸੁਮੇਲ ਨੇ ਇਹ ਖੁਲਾਸਾ ਕੀਤਾ ਕਿ ਕਿਵੇਂ N-ਲਿੰਕਡ ਗਲਾਈਕਨ SARS-CoV-2 ਸਪਾਈਕ ਦੀ ਪੂਰੀ ਸਤ੍ਹਾ 'ਤੇ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਖੇਤਰਾਂ ਨੂੰ ਫਸਾਉਂਦੇ ਹਨ।
ਟ੍ਰਾਈਮੇਰਿਕ SARS-CoV-2 S ਗਲਾਈਕੋਪ੍ਰੋਟੀਨ (PDB ID 6VSB) (4) ਦੇ ਪੂਰਵ-ਫਿਊਜ਼ਨ ਢਾਂਚੇ 'ਤੇ ਮਾਡਲ ਪ੍ਰਤੀਨਿਧੀ ਗਲਾਈਕਨ, ਜਿੱਥੇ ਇੱਕ ਆਰਬੀਡੀ "ਉੱਪਰ" ਰੂਪ ਵਿੱਚ ਹੈ, ਅਤੇ ਬਾਕੀ ਦੋ ਆਰਬੀਡੀ "ਦਿਸ਼ਾ" ਵਿੱਚ ਹਨ। ਹੇਠਾਂ" ਸੰਰਚਨਾ। ਗਲਾਈਕੈਨ ਬਾਂਡ ਦੁਆਰਾ ਪਰਿਭਾਸ਼ਿਤ ਓਲੀਗੋਮੈਨੋਜ਼ ਸਮੱਗਰੀ ਦੇ ਅਨੁਸਾਰ ਰੰਗੀਨ ਹੁੰਦੇ ਹਨ। ACE2 ਰੀਸੈਪਟਰ ਬਾਈਡਿੰਗ ਸਾਈਟ ਨੂੰ ਹਲਕੇ ਨੀਲੇ ਰੰਗ ਵਿੱਚ ਉਜਾਗਰ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਹੈ। S1 ਅਤੇ S2 ਉਪ-ਯੂਨਿਟਾਂ ਨੂੰ ਕ੍ਰਮਵਾਰ ਅਰਧ-ਪਾਰਦਰਸ਼ੀ ਸਤਹਾਂ ਦੁਆਰਾ ਦਰਸਾਇਆ ਗਿਆ ਹੈ, ਜੋ ਕਿ ਹਲਕੇ ਅਤੇ ਗੂੜ੍ਹੇ ਸਲੇਟੀ ਵਿੱਚ ਖਿੱਚੀਆਂ ਗਈਆਂ ਹਨ। ਲਚਕੀਲੇ ਲੂਪਸ ਜਿੱਥੇ N74 ਅਤੇ N149 ਗਲਾਈਕਨ ਸਾਈਟਾਂ ਸਥਿਤ ਹਨ, ਨੂੰ ਸਲੇਟੀ ਡੈਸ਼ਡ ਲਾਈਨਾਂ ਦੁਆਰਾ ਦਰਸਾਇਆ ਗਿਆ ਹੈ, ਅਤੇ ਲੂਪਸ 'ਤੇ ਗਲਾਈਕਨ ਸਾਈਟਾਂ ਨੂੰ ਉਹਨਾਂ ਦੇ ਅਨੁਮਾਨਿਤ ਖੇਤਰਾਂ ਵਿੱਚ ਮੈਪ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਹੈ।
ਇਹ ਦੇਖਿਆ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ ਕਿ SARS-CoV-2 ਸਪਾਈਕ 'ਤੇ ਰੀਸੈਪਟਰ ਬਾਈਡਿੰਗ ਸਾਈਟ ਨੂੰ ਪ੍ਰੌਕਸੀਮਲ ਗਲਾਈਕੋਸੀਲੇਸ਼ਨ ਸਾਈਟਾਂ (N165, N234, N343) ਦੁਆਰਾ ਸੁਰੱਖਿਅਤ ਕੀਤਾ ਜਾਂਦਾ ਹੈ, ਖਾਸ ਕਰਕੇ ਜਦੋਂ ਰੀਸੈਪਟਰ ਬਾਈਡਿੰਗ ਡੋਮੇਨ "ਡਾਊਨ" ਰੂਪਾਂਤਰ ਵਿੱਚ ਹੁੰਦਾ ਹੈ। ਜਿਵੇਂ ਕਿ SARS-CoV-1 S (10, 13), HIV-1 Env (27), ਇਨਫਲੂਐਂਜ਼ਾ ਹੈਮਾਗਗਲੁਟਿਨਿਨ (28, 29) ਅਤੇ LASV GPC ਵਿੱਚ ਦੇਖਿਆ ਗਿਆ ਹੈ, ਗਲਾਈਕਨ ਦੁਆਰਾ ਰੀਸੈਪਟਰ ਬਾਈਡਿੰਗ ਸਾਈਟਾਂ ਦੀ ਸੁਰੱਖਿਆ ਇਹ ਵਾਇਰਲ ਗਲਾਈਕੋਪ੍ਰੋਟੀਨ ਦੀ ਇੱਕ ਆਮ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾ ਹੈ। . (ਚੌਵੀ). ਰੀਸੈਪਟਰ ਬਾਈਡਿੰਗ ਸਾਈਟ ਦੀਆਂ ਕਾਰਜਸ਼ੀਲ ਸੀਮਾਵਾਂ ਅਤੇ ਇਹਨਾਂ ਰਹਿੰਦ-ਖੂੰਹਦ ਦੀ ਘੱਟ ਪਰਿਵਰਤਨ ਦਰ ਨੂੰ ਧਿਆਨ ਵਿੱਚ ਰੱਖਦੇ ਹੋਏ, ਉਹਨਾਂ ਦੇ ਅਨੁਸਾਰੀ ਗਲਾਈਕੋਪ੍ਰੋਟੀਨ (30, 31) ਦੇ ਸਭ ਤੋਂ ਸੁਰੱਖਿਅਤ ਅਤੇ ਸੰਭਾਵੀ ਤੌਰ 'ਤੇ ਕਮਜ਼ੋਰ ਖੇਤਰਾਂ ਵਿੱਚੋਂ ਇੱਕ ਨੂੰ ਛੁਪਾਉਣ ਲਈ ਐਨ-ਲਿੰਕਡ ਗਲਾਈਕਨ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਨ ਲਈ ਚੋਣਤਮਕ ਦਬਾਅ ਹੋ ਸਕਦਾ ਹੈ।
ਅਸੀਂ S1 ਅਤੇ S2 ਸਬਯੂਨਿਟਾਂ 'ਤੇ oligomannose-type glycans ਦੇ ਫੈਲਾਅ ਨੂੰ ਦੇਖਿਆ। ਇਹ ਦੂਜੇ ਵਾਇਰਲ ਗਲਾਈਕੋਪ੍ਰੋਟੀਨ ਦੇ ਉਲਟ ਹੈ। ਉਦਾਹਰਨ ਲਈ, ਕਈ HIV-1 Env ਤਣਾਅ ਵਿੱਚ ਸੰਘਣੇ ਗਲਾਈਕਨ ਕਲੱਸਟਰ ਐਂਟੀਬਾਡੀਜ਼ (32, 33) ਦੁਆਰਾ ਮਾਨਤਾ ਪ੍ਰਾਪਤ ਓਲੀਗੋਮੈਨੋਜ਼-ਕਿਸਮ ਦੇ ਗਲਾਈਕਨ ਨੂੰ ਪ੍ਰੇਰਿਤ ਕਰ ਸਕਦੇ ਹਨ। SARS-CoV-2 S ਵਿੱਚ, oligomannose ਢਾਂਚਾ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਕੰਪੋਨੈਂਟਸ ਦੁਆਰਾ ਸੁਰੱਖਿਅਤ ਕੀਤੇ ਜਾਣ ਦੀ ਸੰਭਾਵਨਾ ਹੈ, ਜਿਵੇਂ ਕਿ N234 glycans (ਅੰਸ਼ਕ ਤੌਰ 'ਤੇ N-ਟਰਮਿਨਸ ਅਤੇ ਰੀਸੈਪਟਰ ਬਾਈਡਿੰਗ ਡੋਮੇਨ ਦੇ ਵਿਚਕਾਰ ਸੈਂਡਵਿਚ) (ਚਿੱਤਰ 3)।
ਅਸੀਂ ਵਿਸਤ੍ਰਿਤ ਲਚਕਦਾਰ ਲੂਪ ਢਾਂਚੇ (N74 ਅਤੇ N149) ਅਤੇ ਝਿੱਲੀ (N1158, N1173, N1194) ਦੇ ਨਜ਼ਦੀਕੀ C-ਟਰਮਿਨਸ (N1158, N1173, N1194) 'ਤੇ N-ਲਿੰਕਡ ਗਲਾਈਕਨਾਂ ਦੀ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾ ਕੀਤੀ ਹੈ, ਅਤੇ ਇਹ ਅਣੂ cryoEM ਚਿੱਤਰਾਂ (4) ਵਿੱਚ ਅਣਸੁਲਝੇ ਹੋਏ ਸਨ। ਇਹਨਾਂ ਨੂੰ ਗੁੰਝਲਦਾਰ ਗਲਾਈਕਨਾਂ ਵਜੋਂ ਪਛਾਣਿਆ ਗਿਆ ਸੀ, ਇਹਨਾਂ ਰਹਿੰਦ-ਖੂੰਹਦ ਦੀ ਸਥਾਨਿਕ ਪਹੁੰਚਯੋਗਤਾ ਦੇ ਨਾਲ ਇਕਸਾਰ।
ਹਾਲਾਂਕਿ oligomannose glycans (28%) (ਟੇਬਲ S2) ਦੀ ਸਮਗਰੀ ਆਮ ਹੋਸਟ ਗਲਾਈਕੋਪ੍ਰੋਟੀਨ ਨਾਲੋਂ ਵੱਧ ਹੈ, ਇਹ ਦੂਜੇ ਵਾਇਰਲ ਗਲਾਈਕੋਪ੍ਰੋਟੀਨ ਨਾਲੋਂ ਘੱਟ ਹੈ। ਉਦਾਹਰਨ ਲਈ, ਸਭ ਤੋਂ ਸੰਘਣੀ ਗਲਾਈਕੋਸਾਈਲੇਟਿਡ ਵਾਇਰਲ ਸਪਾਈਕ ਪ੍ਰੋਟੀਨਾਂ ਵਿੱਚੋਂ ਇੱਕ HIV-1 Env ਹੈ, ਜੋ ਕਿ ~ 60% ਓਲੀਗੋਮੈਨੋਜ਼-ਟਾਈਪ ਗਲਾਈਕਨ (21, 34) ਪ੍ਰਦਰਸ਼ਿਤ ਕਰਦਾ ਹੈ। ਇਹ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ ਕਿ ਹੋਰ ਵਾਇਰਲ ਗਲਾਈਕੋਪ੍ਰੋਟੀਨ (ਐਚਆਈਵੀ-1 ਐਨਵੀ ਅਤੇ ਐਲਏਐਸਵੀ ਜੀਪੀਸੀ ਸਮੇਤ) ਦੇ ਮੁਕਾਬਲੇ, SARS-CoV-2 S ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਦਾ ਗਲਾਈਕੋਸਾਈਲੇਸ਼ਨ ਕਮਜ਼ੋਰ ਹੈ, ਅਤੇ ਗਲਾਈਕੈਨਜ਼ ਦਾ ਗਠਨ ਘੱਟ ਢਾਲ ਹੈ, ਜੋ ਕਿ ਐਂਟੀਬਾਡੀਜ਼ ਨੂੰ ਬੇਅਸਰ ਕਰਨ ਲਈ ਉਪਯੋਗੀ ਹੋ ਸਕਦਾ ਹੈ। .
ਇਸ ਤੋਂ ਇਲਾਵਾ, ਗੁੰਝਲਦਾਰ ਗਲਾਈਕਨਾਂ ਦੀ ਪ੍ਰੋਸੈਸਿੰਗ ਇਮਯੂਨੋਜਨ ਇੰਜਨੀਅਰਿੰਗ ਵਿੱਚ ਇੱਕ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਵਿਚਾਰ ਹੈ, ਖਾਸ ਤੌਰ 'ਤੇ ਇਹ ਧਿਆਨ ਵਿੱਚ ਰੱਖਦੇ ਹੋਏ ਕਿ SARS-CoV-2 S ਦੇ ਵਿਰੁੱਧ ਬੇਅਸਰ ਕਰਨ ਵਾਲੇ ਐਂਟੀਬਾਡੀ ਦੇ ਐਪੀਟੋਪ ਵਿੱਚ N343 (35) 'ਤੇ ਫਿਊਕੋਸਾਈਲੇਟਡ ਗਲਾਈਕਨ ਸ਼ਾਮਲ ਹੋ ਸਕਦੇ ਹਨ। 22 ਐਨ-ਲਿੰਕਡ ਗਲਾਈਕੋਸੀਲੇਸ਼ਨ ਸਾਈਟਾਂ ਵਿੱਚੋਂ, 52% ਫਿਊਕੋਸੀਲੇਸ਼ਨ ਅਤੇ 15% ਗਲਾਈਕਨਾਂ ਵਿੱਚ ਘੱਟੋ-ਘੱਟ ਇੱਕ ਸਿਆਲਿਕ ਐਸਿਡ ਰਹਿੰਦ-ਖੂੰਹਦ (ਟੇਬਲ S2 ਅਤੇ ਚਿੱਤਰ S3) ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ। ਸਾਡੇ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਨੇ ਦਿਖਾਇਆ ਕਿ N343 ਫਿਊਕੋਜ਼ ਦੀ ਰਹਿੰਦ-ਖੂੰਹਦ ਦੇ ਨਾਲ 98% ਟੈਸਟ ਗਲਾਈਕਨ ਦੁਆਰਾ ਬਹੁਤ ਜ਼ਿਆਦਾ ਫਿਊਕੋਸਾਈਲੇਟਿਡ ਹੈ। ਗਲਾਈਕਨ ਦੀ ਸੋਧ ਵਰਤੀ ਗਈ ਸੈੱਲ ਸਮੀਕਰਨ ਪ੍ਰਣਾਲੀ ਦੁਆਰਾ ਬੁਰੀ ਤਰ੍ਹਾਂ ਪ੍ਰਭਾਵਿਤ ਹੋਵੇਗੀ। ਅਸੀਂ ਪਹਿਲਾਂ HIV-1 Env ਗਲਾਈਕੋਸੀਲੇਸ਼ਨ ਲਈ ਦਿਖਾਇਆ ਹੈ ਕਿ ਗੁੰਝਲਦਾਰ ਗਲਾਈਕੈਨ ਦੀ ਪ੍ਰੋਸੈਸਿੰਗ ਉਤਪਾਦਨ ਸੈੱਲਾਂ ਦੁਆਰਾ ਚਲਾਈ ਜਾਂਦੀ ਹੈ, ਪਰ oligomannose glycans ਦਾ ਪੱਧਰ ਸਮੀਕਰਨ ਪ੍ਰਣਾਲੀ ਤੋਂ ਜਿਆਦਾਤਰ ਸੁਤੰਤਰ ਹੈ ਅਤੇ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਬਣਤਰ ਨਾਲ ਸੰਬੰਧਿਤ ਹੈ। ਗਲਾਈਕਨ ਘਣਤਾ (36) ਨਾਲ ਨੇੜਿਓਂ ਸਬੰਧਤ ਹੈ।
ਜਿਵੇਂ ਕਿ LASV GPC ਅਤੇ HIV-1 Env 'ਤੇ ਦੇਖਿਆ ਗਿਆ ਹੈ, ਉੱਚ-ਘਣਤਾ ਵਾਲੀ ਗਲਾਈਕਨ ਸ਼ੀਲਡ ਵਿੱਚ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਸਤਹ (ਚਿੱਤਰ 4) 'ਤੇ ਅਖੌਤੀ ਮੈਨਨੋਜ਼ ਕਲੱਸਟਰ (22, 24) ਹਨ। ਹਾਲਾਂਕਿ ਮਿਡਲ ਈਸਟ ਰੈਸਪੀਰੇਟਰੀ ਸਿੰਡਰੋਮ (MERS)-CoV S (10) ਦੇ S1 ਸਬਯੂਨਿਟ 'ਤੇ ਛੋਟੇ ਮੈਨਨੋਜ਼-ਕਿਸਮ ਦੇ ਕਲੱਸਟਰ ਪਾਏ ਗਏ ਸਨ, ਪਰ ਇਹ ਵਰਤਾਰਾ SARS-CoV-1 ਜਾਂ SARS-CoV-2 S ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਨਾਲ ਨਹੀਂ ਦੇਖਿਆ ਗਿਆ ਸੀ। ਇੱਥੇ ਰਿਪੋਰਟ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸਾਈਟ-ਵਿਸ਼ੇਸ਼ ਗਲਾਈਕੋਸੀਲੇਸ਼ਨ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ ਕਿ SARS-CoV-2 S ਗਲਾਈਕਨ ਸ਼ੀਲਡ ਦੂਜੇ ਕੋਰੋਨਵਾਇਰਸ ਨਾਲ ਇਕਸਾਰ ਹੈ, ਅਤੇ ਪੂਰੀ ਗਲਾਈਕਨ ਸ਼ੀਲਡ ਵੀ ਬਹੁਤ ਸਾਰੀਆਂ ਕਮਜ਼ੋਰੀਆਂ ਨੂੰ ਪ੍ਰਦਰਸ਼ਿਤ ਕਰਦੀ ਹੈ (10)। ਅੰਤ ਵਿੱਚ, ਅਸੀਂ Thr323/Ser325 (T323/S325) 'ਤੇ O-ਲਿੰਕਡ ਗਲਾਈਕੋਸੀਲੇਸ਼ਨ ਦੀ ਟਰੇਸ ਮਾਤਰਾ ਦਾ ਪਤਾ ਲਗਾਇਆ, ਜਿੱਥੇ 99% ਤੋਂ ਵੱਧ ਸਾਈਟਾਂ ਨੂੰ ਸੋਧਿਆ ਨਹੀਂ ਗਿਆ ਸੀ (ਚਿੱਤਰ S4), ਜੋ ਇਹ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ ਕਿ ਜਦੋਂ ਬਣਤਰ ਮੂਲ-ਵਰਗੀ ਹੈ।
ਖੱਬੇ ਤੋਂ ਸੱਜੇ MERS-CoV S (10), SARS-CoV-1 S (10), SARS-CoV-2 S, LASV GPC (24) ਅਤੇ HIV-1 Env (8, 21) ਹਨ। ਸਾਈਟ-ਵਿਸ਼ੇਸ਼ ਐਨ-ਲਿੰਕਡ ਗਲਾਈਕਨ ਓਲੀਗੋਮੈਨੋਜ਼ ਦੀ ਮਾਤਰਾ ਕੀਵਰਡਸ ਦੇ ਅਨੁਸਾਰ ਰੰਗੀਨ ਹੈ। LASV GPC ਨੂੰ ਛੱਡ ਕੇ, ਸਾਰੇ ਗਲਾਈਕੋਪ੍ਰੋਟੀਨ ਨੂੰ HEK 293F ਸੈੱਲਾਂ ਵਿੱਚ ਘੁਲਣਸ਼ੀਲ ਟ੍ਰਾਈਮਰ ਵਜੋਂ ਦਰਸਾਇਆ ਗਿਆ ਹੈ, ਜਦੋਂ ਕਿ LASV GPC ਮੈਡਿਨ-ਡਾਰਬੀ ਕੈਨਾਈਨ ਕਿਡਨੀ II ਸੈੱਲਾਂ ਦੇ ਵਾਇਰਸ-ਵਰਗੇ ਕਣਾਂ ਤੋਂ ਲਿਆ ਗਿਆ ਹੈ।
SARS-CoV-2 ਦਾ ਸਾਡਾ ਗਲਾਈਕੋਸੀਲੇਸ਼ਨ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕੁਦਰਤੀ ਤੌਰ 'ਤੇ ਫੋਲਡ ਟ੍ਰਾਈਮਰ ਸਪਾਈਕਸ ਦੀ ਸਾਈਟ-ਵਿਸ਼ੇਸ਼ ਗਲਾਈਕਨ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾਵਾਂ ਲਈ ਇੱਕ ਵਿਸਤ੍ਰਿਤ ਬੈਂਚਮਾਰਕ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਦਾ ਹੈ। ਗਲਾਈਕੋਪ੍ਰੋਟੀਨ 'ਤੇ ਅਧਾਰਤ ਵੱਧ ਤੋਂ ਵੱਧ ਉਮੀਦਵਾਰ ਟੀਕਿਆਂ ਦੇ ਵਿਕਾਸ ਦੇ ਨਾਲ, ਵਿਸਤ੍ਰਿਤ ਗਲਾਈਕਨ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਇਮਯੂਨੋਜਨਾਂ ਦੀ ਇਕਸਾਰਤਾ ਦੀ ਤੁਲਨਾ ਕਰਨ ਦਾ ਇੱਕ ਤਰੀਕਾ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਦਾ ਹੈ, ਅਤੇ ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਉਤਪਾਦਨ ਦੇ ਪੈਮਾਨੇ ਕਲੀਨਿਕਲ ਵਰਤੋਂ ਵਿੱਚ ਫੈਲਦੇ ਹਨ, ਨਿਗਰਾਨੀ ਵੀ ਬਹੁਤ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਹੋਵੇਗੀ। ਇਸ ਲਈ, ਸੇਰੋਲੋਜੀਕਲ ਟੈਸਟ ਕਿੱਟਾਂ ਦੇ ਨਿਰਮਾਣ ਵਿੱਚ, ਗਲਾਈਕਨ ਪ੍ਰੋਫਾਈਲ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਵੀ ਐਂਟੀਜੇਨ ਗੁਣਵੱਤਾ ਦਾ ਇੱਕ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਸੂਚਕ ਹੋਵੇਗਾ। ਅੰਤ ਵਿੱਚ, ਨਿਊਕਲੀਓਟਾਈਡ-ਆਧਾਰਿਤ ਵੈਕਸੀਨਾਂ ਦੇ ਆਗਮਨ ਦੇ ਨਾਲ, ਇਹ ਸਮਝਣਾ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਹੈ ਕਿ ਇਹ ਡਿਲੀਵਰੀ ਵਿਧੀ ਇਮਯੂਨੋਜਨਾਂ ਦੀ ਪ੍ਰੋਸੈਸਿੰਗ ਅਤੇ ਪੇਸ਼ਕਾਰੀ ਨੂੰ ਕਿਵੇਂ ਪ੍ਰਭਾਵਤ ਕਰਦੀ ਹੈ।
ਇਹ ਕਰੀਏਟਿਵ ਕਾਮਨਜ਼ ਐਟ੍ਰਬਿਊਸ਼ਨ ਲਾਇਸੈਂਸ ਦੀਆਂ ਸ਼ਰਤਾਂ ਅਧੀਨ ਵੰਡਿਆ ਗਿਆ ਇੱਕ ਓਪਨ ਐਕਸੈਸ ਲੇਖ ਹੈ। ਲੇਖ ਕਿਸੇ ਵੀ ਮਾਧਿਅਮ ਵਿੱਚ ਅਪ੍ਰਬੰਧਿਤ ਵਰਤੋਂ, ਵੰਡ ਅਤੇ ਪ੍ਰਜਨਨ ਦੀ ਇਜਾਜ਼ਤ ਦਿੰਦਾ ਹੈ ਇਸ ਸ਼ਰਤ ਵਿੱਚ ਕਿ ਅਸਲ ਰਚਨਾ ਦਾ ਸਹੀ ਢੰਗ ਨਾਲ ਹਵਾਲਾ ਦਿੱਤਾ ਗਿਆ ਹੈ।
ਨੋਟ: ਅਸੀਂ ਤੁਹਾਨੂੰ ਸਿਰਫ਼ ਆਪਣਾ ਈਮੇਲ ਪਤਾ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਨ ਲਈ ਕਹਿੰਦੇ ਹਾਂ ਤਾਂ ਕਿ ਜਿਸ ਵਿਅਕਤੀ ਨੂੰ ਤੁਸੀਂ ਪੰਨੇ 'ਤੇ ਸਿਫ਼ਾਰਿਸ਼ ਕਰਦੇ ਹੋ, ਉਹ ਜਾਣ ਸਕੇ ਕਿ ਤੁਸੀਂ ਚਾਹੁੰਦੇ ਹੋ ਕਿ ਉਹ ਈਮੇਲ ਦੇਖੇ ਅਤੇ ਇਹ ਸਪੈਮ ਨਹੀਂ ਹੈ। ਅਸੀਂ ਕਿਸੇ ਵੀ ਈਮੇਲ ਪਤੇ ਨੂੰ ਹਾਸਲ ਨਹੀਂ ਕਰਾਂਗੇ।
ਇਹ ਸਵਾਲ ਇਹ ਟੈਸਟ ਕਰਨ ਲਈ ਵਰਤਿਆ ਜਾਂਦਾ ਹੈ ਕਿ ਕੀ ਤੁਸੀਂ ਵਿਜ਼ਟਰ ਹੋ ਅਤੇ ਆਟੋਮੈਟਿਕ ਸਪੈਮ ਸਬਮਿਸ਼ਨ ਨੂੰ ਰੋਕਣ ਲਈ।
ਮਾਸ ਸਪੈਕਟ੍ਰੋਮੈਟਰੀ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਨੇ ਸਾਰਸ-ਕੋਵੀ -2 ਸਪਾਈਕ ਪ੍ਰੋਟੀਨ 'ਤੇ ਸਾਰੀਆਂ ਗਲਾਈਕੋਸੀਲੇਸ਼ਨ ਸਾਈਟਾਂ ਦੀ ਗਲਾਈਕਨ ਰਚਨਾ ਦਾ ਖੁਲਾਸਾ ਕੀਤਾ।
ਮਾਸ ਸਪੈਕਟ੍ਰੋਮੈਟਰੀ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਨੇ ਸਾਰਸ-ਕੋਵੀ -2 ਸਪਾਈਕ ਪ੍ਰੋਟੀਨ 'ਤੇ ਸਾਰੀਆਂ ਗਲਾਈਕੋਸੀਲੇਸ਼ਨ ਸਾਈਟਾਂ ਦੀ ਗਲਾਈਕਨ ਰਚਨਾ ਦਾ ਖੁਲਾਸਾ ਕੀਤਾ।
©2021 ਅਮੈਰੀਕਨ ਐਸੋਸੀਏਸ਼ਨ ਫਾਰ ਦ ਐਡਵਾਂਸਮੈਂਟ ਆਫ਼ ਸਾਇੰਸ। ਸਾਰੇ ਹੱਕ ਰਾਖਵੇਂ ਹਨ. AAAS HINARI, AGORA, OARE, CHORUS, CLOCKSS, CrossRef ਅਤੇ COUNTER.Science ISSN 1095-9203 ਦਾ ਭਾਈਵਾਲ ਹੈ।
ਪੋਸਟ ਟਾਈਮ: ਜਨਵਰੀ-21-2021
